دبیرخانه  اجرایی برنامه تحول نظام سلامت  ذیل ستاد اجرایی دانشگاهی برنامه تحول نظام سلامت، در حوزه ستادی معاونت درمان تشکیل شده و مسئولیت هماهنگی کلیه برنامه‌های تحول را به عهده دارد.

مسئول این دبیر خانه که از طرف دبیر اجرایی ستاد دانشگاهی مشخص می گردد وظیفه ابلاغ مصوبات، هماهنگی و مدیریت اجرایی و پایش برنامه‌ها را به عهده خواهدداشت.

دبیر خانه مذکور رابط بین بیمارستان ها و ستاد اجرایی دانشگاه ، برای پاسخگویی به سئوالات ،دریافت و بررسی پیشنهادات می‌باشد.