حفظ و ارتقاء سطح درمان جامعه تحت پوشش بر اساس دستورالعمل های موجود و استانداردهای ابلاغی بالاخص اعتباربخشی، هدف اصلی معاونت درمان دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی کاشان می باشد. برای رسیدن به این هدف کلان، اهداف اختصاصی ذیل به عنوان چراغ راه برای این معاونت تبیین و تعریف شده است:
قانونمند نمودن فعالیت مراکز و موسسات درمانی از طریق صدور پروانه های مربوطه و انطباق آنها با قوانین وزارت متبوع
تأمین خدمات درمانی مورد نیاز و ارتقای سطح درمان جامعه
بهبود کیفی و کمّی وضعیت فضاهای درمانی
ارتقای رضایت گیرندگان خدمت از طریق تأمین دسترسی عادلانه ایشان به خدمات درمانی مناسب
گسترش خدمات درمانی با استفاده از پتانسیل های وزارتی و خیّرین سلامت
تناسب سازی در سطوح خدمات درمان عمومی، تخصصی و فوق تخصصی
نظارت بر وضعیت درمان حوزه تحت پوشش با استفاده از شاخصهای موجود
ایجاد بستر مناسب برای توانمندسازی و ارتقای سطح علمی و تخصصی کادر درمان
افزایش کارایی مراکز درمانی و استفاده بهینه از ظرفیت ها و منابع سرمایه ای در دسترس
تأمین شرایط لازم برای سرمایه گذاری، مشارکت و فعالیت بخش غیر دولتی
نظارت و کنترل بر هزینه اثربخشی مراکز درمانی بر اساس معیارهای اقتصاد درمان
بکارگیری تکنولوژی های در دسترس و به روز در حوزه درمانی